William Shirer schrieb, dass das deutsche Volk durch die Verfolgung der Kirchen durch die Nazi-Regierung nicht sehr erregt war. Die große Mehrheit wurde nicht dazu bewegt, dem Tod oder der Inhaftierung um der Religionsfreiheit willen, da sie von Hitlers frühen außenpolitischen Erfolgen und der Wiederherstellung der deutschen Wirtschaft zu beeindruckt war. Wenige, schrieb er, “hielten inne, um darüber nachzudenken, dass das Nazi-Regime beabsichtigte, das Christentum in Deutschland zu zerstören, wenn es konnte, und das alte Heidentum der frühen germanischen Stammesgötter und das neue Heidentum der Nazi-Extremisten zu ersetzen.” [81] . Für die Kirche schien sie zu versprechen, dass sie ihre geistliche Mission in Deutschland ohne staatliche Schikanen erfüllen konnte. Es gab jedoch Juden, die Pacelli den Vorteil des Zweifels gaben. Am Donnerstag, den 29. November 1945, traf Pacelli rund 80 Vertreter jüdischer Flüchtlinge, die sich “für seine Großzügigkeit gegenüber den Verfolgten während der nS-Faschistischen Zeit” bedankten. Man muss eine Würdigung durch Menschen respektieren, die gelitten und überlebt haben, und wir dürfen Pacellis Bemühungen auf der Ebene der wohltätigen Hilfe nicht schmälern, insbesondere seine Anweisung, dass geschlossene religiöse Häuser in Rom Juden aufnehmen sollten, die sich vor der SS verstecken. In Europa, wo die Strukturen von Kirche und Staat traditionell vermischt waren, mit vielen Überschneidungen von politischer und religiöser Autorität (diese Schulen, die Ernennung dieser Bischöfe), erforderte die Umsetzung dieses neuen Kodex des kanonischen Rechts die Zusammenarbeit der Regierungen, was zu Pacellis nächster Aufgabe führte. Die Aufgabe, Verträge auszuhandeln – Konkordate –, die die frisch beanspruchten Vorrechte des Papsttums erkannten, fiel ihm zu.

Sein erster Erfolg, der 1914, bevor der Kodex offiziell veröffentlicht wurde, war in Serbien, wo er ein Konkordat aushandelte, das den Zwecken des Papstes diente, aber die katholische Hierarchie in Österreich unterlief. “Der Vertrag implizierte die Aufhebung der alten Protektoratsrechte des österreichisch-ungarischen Reiches über die katholische Enklave auf serbischem Territorium”, erklärt Cornwell. Dieser Wandel in den Beziehungen zwischen Kirche und Staat unterstützte effektiv Serbiens politische Bemühungen, sich von der österreichischen Vorherrschaft zu entfernen. Das Konkordat wurde am 24. Juni 1914 unterzeichnet. Vier Tage später wurde Erzherzog Franz Ferdinand von Österreich in Sarajevo von einem unabhängigkeitsorientierten Serben ermordet. Cornwell kommentiert: Das Konkordat zog die deutsche Kirche sofort in Komplizenschaft mit den Nazis.